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预测超长蛋白质这事CPU赢了
作者:佚名 文章来源:本站原创 点击数: 更新时间:2023/7/4 1:57:48 | 【字体:

  王烁和王珂火拼案例如在处理AlphaFold2这类大型模型这件事上,大众普遍的认知可能就是堆GPU来进行大规模计算。

  但其实从去年开始,CPU便开始苦练内功,使端到端的通量足足提升到了原来的23.11倍。

  不论是像抗菌肽这种较短的氨基酸序列,还是像亨氏综合征蛋白这样超长的序列,都可以轻松hold住。

  而且所有的预测任务,在不考虑最高通量、仅仅是顺序执行,8个小时就能全部搞定。

  相比于GPU,基于CPU的加速方案在性价比上更为理想,而且在特定的情况下(超过300或400氨基酸),几乎只有CPU能把它算完,而GPU的失败率会很高。

  从上述的种种迹象表明,CPU不再是“你以为的你以为”,而是以一种新势力进军于此,并发挥着前所未有的威力。

  事实上,此次备受关注的CPU加速方案,背后不是别人,正是发明了CPU的英特尔。

  2022年,英特尔以第三代至强®️可扩展处理器为硬件基座,使AlphaFold2通量优化提升达23.11倍。一年后,他们在此基础上,再次实现自我刷新。

  2022年,英特尔基于第三代至强®️可扩展平台,针对AlphaFold2的设计特点,在预处理、模型推理、后处理三阶段实现了端到端优化。

  如今,原有的五大端到端基础步骤之上,第四代至强®️可扩展处理器的加入,再次给AlphaFold2带来整体推理性能的提升。

  第一步:预处理阶段,借助第三代或第四代至强®️可扩展处理器的多核优势及其内置AVX-512技术,实现针对性的高通量优化。

  第二步,将深度学习模型迁移至面向英特尔®️架构优化的PyTorch,并逐模块地从JAX/haiku完成代码迁移。

  第四步,切分注意力模块和算子融合,即对注意力模块进行大张量切分的优化思路;与此同时,使用IPEX(英特尔®️扩展优化框架,建议版本为IPEX-2.0.100+cpu或更高)对Einsum和Add两种算子进行融合。

  第五步,借助至强®️可扩展平台的计算和存储优势实施针对性优化。比如基于NUMA架构技术,挖掘多核心优势,破解多实例运算过程中的计算和内存瓶颈。

  不过除了提供更强的基础算力,第四代至强®️可扩展平台还带来了诸多针对AI工作负载的优化加速技术。

  TPP(Tensor Processing Primitives)相当于是一种虚拟的张量指令集架构,能让英特尔®️AVX-512等物理指令集予以抽象,生成经过优化的平台代码。

  具体到计算执行上,TPP能实现两种优化方式:以单指令多数据方式处理数据;优化内存访问模式,提升缓存命中率来提高数值计算和访存效率。

  这样一来,狭长矩阵乘法的空间复杂度从 O (n^2) 降为 O (n) ,运算内存峰值也将大幅降低,更有助于处理长序列蛋白结构预测的问题。

  AlphaFold2中大量的矩阵计算过程需要内存来支撑,因此内存性能影响着整个模型运行性能。

  第四代至强®️ 可扩展处理器带来两种解决思路——支持DDR5内存,以及大容量末级缓存:

  英特尔在第四代至强®️可扩展处理器中创新内置了AI加速器——英特尔®️AMX,类似GPU里的张量核心,加速深度学习推理过程并减少存储空间。

  它支持INT8、BF16等低精度数据类型,尤其BF16数据类型在精度上的表现不逊于FP32数据类型,AlphaFold2使用AMX_BF16后,推理时间可缩短数倍之多。

  每个英特尔®️至强®️CPU Max系列,都拥有4个基于第二代增强型高带宽内存(HBM2e)的堆栈,总容量为64GB(每个堆栈的容量为16GB)。

  由于能同时访问多个DRAM芯片,它可提供高达1TB/s的带宽。而且配置更灵活,有三种不同模式与DDR5内存一起协同工作:HBM Only、HBM Flat以及HBM Cache。

  综上,第四代英特尔®️至强®️可扩展处理器所带来的四种优化技术让AlphaFold2的端到端通量得到了再进一步提升,与第三代相比实现了高达3.02倍的多实例通量提升。

  当然,除了CPU之外,英特尔在探索验证AlphaFold2优化方案、步骤和经验过程中,同样也能提供其他AI加速芯片,给产业链上的生态伙伴提供强劲支持。

  就在前段时间,英特尔联合Github上知名的AI+科学计算的开源项目——Colossal-AI的团队潞晨科技,成功优化了AlphaFold2蛋白质结构预测的性能,并将其方案开源。

  基于AI专用加速芯片Habana®️Gaudi®️,他们成功将端到端推理速度最高提升3.86倍(相较于此前使用的方案),应用成本相较于GPU方案最多降低39%。

  它凭借自身强算法、多数据、大算力的结合所带来的泛用性,在医药和生命科学领域同样大步发展着。

  我们不妨以百图生科推出的,世界首个AI大模型驱动的AI生成蛋白平台AIGP(AI Generated Protein)为例来了解一番。

  AIGP背后所依靠的,是一个千亿参数的跨模态生命科学大模型,通过“挖掘公开数据和独特自产数据”、“跨模态预训练和科学计算”,以及“蛋白质读写系统和细胞读写系统”,三大步骤实现对蛋白质空间及生命体的建模。

  如此大模型能力之下,百图生科便具备了一系列给定Protein(抗原),设计与之以特定方式结合的Protein(抗体)的能力。

  也因此参与到了一系列前沿药物的开发,包括高性能免疫调控弹头设计、难成药靶点精准设计、定表位抗体弹头设计、可溶性TCR设计等。

  除此之外,百图生科也具备对给定细胞/细胞组合,发现调控细胞的有效蛋白靶点/组合,并继而快速设计调控蛋白的能力。

  这就为多种疾病的靶点发现、耐药/不响应患者改善、靶点科学线索转化带来新的可能。

  不过有一说一,百图生科的例子也是只是AI之于医药、生命科学领域变革的一隅。

  但今年生物医学领域的著名奖项(加拿大盖尔德纳奖)史无前例地颁给了人工智能科学家、DeepMind创始人Demis Hassabis等人。

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  随着人们对健康饮食的重视和健身运动的普及化,乳清蛋白粉市场规模在过去几年呈现快速增长的趋势。蛋白质作为免疫系统的重要组成部分,对于维持免疫功能至关重要,凭借高蛋白、低脂肪、低碳水等特点,乳清蛋白粉也成为了不少人士的优选蛋白质补充品。随着人们对健康保健意识的提高和对免疫力的重视,相信Swisse斯维诗乳清蛋白粉将受到越来越多人的青睐和认可,助力大众迎接健康生活的新升级。

  龙芯中科发布公告称,公司于2023年6月23日从香港国际仲裁中心收到仲裁庭签发的《部分最终裁决书》,对于芯联芯提出的7项仲裁主张,除第5项为尚待解决事项外,其余6项仲裁主张全部被驳回。芯联芯在仲裁中提出了龙芯中科违反与MIPSTech,LLC签署的技术许可合同,对此龙芯中科表示,公司的战略目标是打造独立于Wintel和AA生态的自主生态体系,主要的核心技术均为自主研发。从一位龙芯工程师HuacaiChen”发布的补丁看,其添加的硬件页表查询器中,已经出现了龙芯3A6000的身影,目前运行良好。

  经典技术OCR,在大模型时代下要“变味”了。怎么说?我们都知道OCR这个技术在日常生活中已经普及开了,像各类文件、身份证、路标等识别,可以说统统都离不开它。以这些多样化、异构的芯片为基石,英特尔也将形成更全面的硬件产品布局,并配之以跨异构平台、易用的软件工具组合为整个应用链上的合作伙伴及客户提供应用创新的支持,为各行各业AI应用的开发、部署、�

  今天外媒一篇最新通讯中爆料,iPadPro定于2024年换代发布,屏幕和性能将迎来大幅升级。12.9寸会换用OLED面板,相较于现款miniLED,其优势在于更省电、色彩更准确。iPadAir也将升级到M2旗舰芯片,iPadPro2024将是发挥iPadOS17全部实力的最佳平台,包括能够运行完整版FinalCutPro编辑软件。

  周末最新消息称,最近新一批的自主研发CPU正式交付,而且已经在国外市场被大批量采购,某CPU芯片在厄立特里亚的发电厂有了应用,非洲也用上了“中国芯”。这标志着自主研发的国产CPU将走出国门,助力非洲国家电力基础设施建设和社会经济可持续发展,这也是首次国内的自主CPU芯片交付出口到国外。

  在健康中国战略不断推进、国民健康意识增强的背景下,蛋白粉作为一种重要的营养补充剂,受到了越来越多消费者的青睐。蛋白粉行业市场规模逐年攀升,显示出强劲的增长态势。无论是健身人士还是追求健康的消费者,在Swisse斯维诗乳清蛋白粉的助力下,都能获得高质量的蛋白质补充,实现健康生活的目标。

  名记MarkGurman在一篇最新通讯中爆料,苹果正在酝酿一大波硬件产品更新。iPadPro定于2024年换代发布,屏幕和性能将迎来大幅升级。iPadPro2024将是发挥iPadOS17全部实力的最佳平台,包括能够运行完整版FinalCutPro编辑软件。

  某国产芯片厂正式发布了高性能32核处理器,还支持2路、4路CPU扩展,最多做到单服务器128核,浮点性能超过1万亿次,全新的CPU性能更高,产品线也丰富一些,非常值得纪念,而现在这枚芯片已经开始量产。

  很多时候遇到电脑卡顿,通常与CPU、内存或者硬盘占用率过高脱不开干系。Win11资源管理器的一个严重BUG会导致电脑CPU偶发出现CPU占用率奇高的情况,21H2、22H2等。Win11家庭用户因为较少使用到共享中相关配置项,所以很少遭遇,倒是企业用户叫苦不迭。

  此前Intel面向中国市场推出了两款特供处理器i5-13490F、i7-13790F,首发价分别为1599元、2999元。目前售价调整,分别来到1399元和2779元,优惠幅度高达220元,趁着618入手非常合适。i5-13490F配置有6P4E10核心16线个小核心。

  核心频率不同,CPU型号不同天玑9200+和天玑 9000 都是联发科的5G旗舰级芯片,天玑9200+和天玑9000都是采用台积电4nm工艺制程。天玑9200+的CPU最高主频为3.3GHz,而天玑 9000 的CPU最高主频为3.2GHz。两款芯片都支持双模5G、WiFi 6E和蓝牙5. 2 等技术。

  天玑9200+主频是3.0GHz,与骁龙 8Gen 2 相同,跑分要比骁龙 8Gen 2高一点点天玑 9200+ 处理器与天玑 9200 同架构,但所有核心频率增加,主频来到了 3.0GHz,与骁龙 8Gen 2 相同。跑分数据,天玑 9200+ 在 Geekbench v6 平台单核得分 2121 分,多核得分 5655 分。作为对比,骁龙 8Gen 2 的单核跑分成绩在大约 2000,多核成绩大约 5400。天玑9200+的安兔兔跑分大约为 136 万分,骁龙8Gen2 安兔兔跑分大约是128万分。

  在 Geekbench v6 平台单核得分 2121 分,多核得分 5655 分联发科已经正式官宣,天玑9200+将于 5 月 10 日发布,这款处理器的 Geekbench v6 跑分已经出现。天玑 9200+ 处理器与天玑 9200 同架构,但所有核心频率增加,主频来到了 3.0GHz,与骁龙 8Gen 2 相同。 根据爆料的跑分数据,天玑9200+在 Geekbench v6 平台单核得分 2121 分,多核得分 5655 分。 作为对比,骁龙 8Gen 2 的单核跑分成绩在大约 2000,多核成绩大约 5400。

  7天以上小米手环 8 搭载蓝牙 5.1,内置直流 3.87V 聚合物锂离子电池,型号为 M2239B1。上一代的小米手环 7 续航大约有9-15天左右。 小米手环 7 内置180mAh 电池。预计小米手环8的续航会比小米手环7续航略微提升一点。

  2K+ 分辨率魅族 20 Pro 采用6.81英寸直屏,2K+ 分辨率、100% P3 广色域、120Hz LTPO 高刷、最高 1200 nit 全屏亮度、最低 2 nit 全屏亮度,同时支持防蓝光、DC 调光等功能一应俱全;魅族 20 Pro采用旗舰级性能配置,包括顶级处理器第二代骁龙 8、12GB 起步的 LPPDR5X 大内存、至高 512GB UFS4.0 极速闪存以及 36424 平方毫米的立体散热堆叠。

  第二代骁龙 8,LPPDR5X+UFS4.0,2K三星E6 材质Super AMOLED屏幕魅族 20 Pro,内置第二代骁龙 8,LPPDR5X+UFS4.0,搭载了2K三星E6 材质Super AMOLED屏幕,屏幕尺寸6. 81 英寸,支持120Hz自适应屏幕刷新率和1500Hz瞬时触控采样率,峰值亮度可达1800nit,屏幕还通过了SGS抗蓝光、抗频闪护眼认证;破晓灰、曙光银、朝阳金三种配色,整机厚7. 8 毫米,重 209 克;镜头模组由 5000 万像素人像镜头、 5000 万像素广角镜头、 5000 万像素超广角镜头组成,支持全像素对焦技术搭配dTOF辅助对焦,官方称将使对焦速度提升33%。魅族20 系列的主摄均支持SMA防抖,最高8K视频录制和夜景录像功能;5000mAh电池配80W快充,支持50W无线GB三种存储组合,售价 3999 起。

  后置三摄,主摄 5000万像素,屏幕分辨率2496*2224华为Mate X3有「羽砂玻璃版:羽砂白、羽砂黑、羽砂紫」、「素皮版:晨曦金、青山黛」五款配色可选;覆盖昆仑玻璃;超轻薄折叠四曲设计,机身重量仅239g,厚度仅5.3mm, IPX8级抗水。屏幕拥有2496*2224超高分辨率和426ppi 超高像素密度。同样支持最高120Hz 自适应刷新率以及1440Hz PWM 调光。影像方面:搭载5000万像素超感知主摄,1300万像素超广角镜头,1200万像素潜望式长焦镜头。并配备10通道多谱传感器和激光对焦传感器,支持100倍变焦和5倍光学变焦。续航方面:配备4800mAh 大电池,支持50W 无线W 有线W 无线反向快充。性能方面:与华为 P60系列一样搭载了骁龙8+ 处理器,配备了超冷跨轴石墨烯散热系统,导热面积提升了20%。价格:华为Mate X3:256GB:12999、512GB:13999;华为 Mate X3典藏版:1TB:15999

  6. 67 英寸的OLED屏幕, 4800 万像素长焦镜头华为P60 系列在背部采用了矩阵型模组,官方称之为“凝光设计”,引入了“凝光贝母”工艺;华为P60 全系搭载了6. 67 英寸的OLED屏幕,拥有2700* 1220 刷新率,显示效果十分细腻,支持10. 7 亿色、1440Hz PWM调光。 同时支持全局色彩管理,支持莱茵专业色准双重认证;屏幕还支持LTPO动态高刷新率,支持1~120Hz自适应刷新率,还配备了昆仑玻璃面板,IP68 防尘抗水;相机方面,华为P60 Pro则进一步升级长焦镜头,配备了 4800 万像素RYYB的超聚光夜视长焦镜头,支持3. 5 倍光学变焦、OIS,拥有F2. 1 超大光圈;支持双向北斗卫星通信;5100 毫安时大电池+88W快充;首发搭载了全新的鸿蒙3.1,新增了AOD息屏显示功能。

  6.67英寸的OLED屏幕,支持1~120Hz的LTPO刷新率华为P60 系列的屏幕搭载了骁龙8+ 4G处理器,6. 67 英寸的OLED屏幕,支持1~120Hz的LTPO刷新率,支持1440Hz PWM调光,拥有10. 7 亿色、全局P3 色域、HDR-P3HDR Vivid显示效果;覆盖四曲昆仑玻璃,支持IP68 防水,是全球首款德国莱茵专业色准双重认证的手机;相机方面,华为P60 支持F1.4-4. 0 十档可变光圈,搭载大光圈高透光镜群和RYYB超感光传感器,支持了华为XD Fusion Pro质感引擎;支持双向北斗卫星消息;首发搭载鸿蒙3.1,支持AOD息屏显示;价格,华为P60 的128GB版 4488 元,256GB版本是 4988 元,512GB版本是 5988 元。

  天玑9000芯片,LPDDR5+UFS3.1,11.61英寸LCD屏幕,支持144Hz刷新率OPPO Pad2主要配置包括:11.61英寸7:5比例LCD显示屏,拥有2800×2200分辨率和500尼特亮度,支持144Hz五档刷新率智能调节,2048级亮度自适应智能调光并支持手写笔。OPPO Pad2基于联发科技天玑9000,辅以LPDDR5内存和UFS3.1存储,内置9510毫安时电池、67W有线万像素前置摄像头和蓝牙5.3。软件方面,ColorOS13.1支持5G通信共享。可以自动共享手机的5G通信,从而直接上网、接打电话、同步手机验证码、拍照流转和应用接力。

  5G双待双通(DSDS)、WiFi 6/6E、蓝牙5.3等骁龙7+ Gen2 采用了骁龙X62 5G调制解调器,在全球范围内支持多种频段和模式的5G网络连接。它还是首款在骁龙 7 系中实现了5G双待双通(DSDS)功能,在两张SIM卡都插入时可以同时使用两个不同运营商或不同网络制式(例如SA和NSA)的5G网络服务。除此之外,它还支持WiFi 6/6E和蓝牙5. 3 等无线技术。

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